El aporte equivale a S/ 3.92 (Tres y 92/100 Nuevos Soles) por cada tonelada métrica de los recursos hidrobiológicos capturados y destinados al consumo humano ya sea indirecto o directo. La recaudación de este aporte se encuentra a cargo de la SUNAT y se rige por las normas del Código Tributario.
Si la pesca es entregada a una empresa industrial pesquera corresponderá a esta retener al armador el aporte obligatorio al FEP. Una vez retenido deberán cumplir con declarar y pagar esta retención en la forma establecida por SUNAT.
En caso el armador realice posteriormente el procesamiento pesquero en su calidad de empresa industrial pesquera, le corresponderá realizar el pago directo al FEP. Asimismo, deberá realizar el pago directo cuando transfiera o entregue la pesca (a cualquier título) a una persona natural o jurídica distinta a una empresa industrial pesquera.